1969-2000 yılları arasında Boğaziçi Üniversitesi'nde akademisyenlik yapan Ergüder, 1992-2000 yılları arasında üniversitenin rektörlük koltuğunda oturdu. Ergüder, üniversitenin ilk seçilmiş rektörüydü.
Üniversite yönetimi uzun süredir mezunların ve emekli akademisyenlerin okula girişini keyfi bir şekilde engelliyor.
Kayyım rektörden açıklama
Üniversitenin atanmış rektörü Naci İnci, Ergüder'in üniversiteye alınmamasının gündem olmasından sonra açıklama yaptı.
Twitter hesabından açıklama yapan İnci'ye göre 'yanlış anlaşılma' olmuş: "Eski rektörümüz ve değerli meslektaşım Üstün Ergüder’in üniversitemiz kampüsüne girişinin kısıtlanması söz konusu değildir. Bu sabah bir yanlış anlama nedeniyle kampüs girişinde yaşanan talihsiz olayın ardından kendisi ile görüşerek durumu açıkladım. Kendisi de anlayışla karşıladı. Basit bir yanlış anlamadan farklı anlamlar çıkarılması doğru değildir."